労使協定ってどこまで必要？

ある会社様から、「遅刻等に対して賃金をカットする場合、控除ということになって労使協定も必要になるのでしょうか・・・」こんなことを聞かれました。
賃金カットは就業規則の規定しかなく、控除に関する労使協定の対象に含まれていないため気になっているとのことですが・・・

確かに、除外規定などは労使協定で別で定めて、就業規則でも書いて、労使協定でも書いて・・・何だか「なぜ２回書く必要があるの？」と私も以前から気になっておりました。

労基法24条では、全額払の原則は、履行期の到来している賃金債権について一部を差し引いて（控除して）支払うことを禁止しています。例外として、社会保険料など法令に基づく場合のほか、労使協定の締結による控除を認めています。

一方、労働者の自己都合による欠勤や遅刻があった際に、債務の本旨に従った労働の提供がなかった限度で賃金を支払わないことは、賃金債権が発生していないものであり、控除ではなく、法24条違反とはならないと解されています。よって労使協定は必要ないと考えられます。
賃金カットは労働契約や就業規則に基づき行うとしているものもありますね。